In this vignette we show how to set up a model to perform inference for the generalised Stochastic Block Model (GSBM) using the reversible jump split-merge sampling method.
To start, load the library
In this toy example we consider a set of 50 interconnected electrical components. Each component is connected to the other and the connections are all turned on at once. We record the failure time of each connections.
This can be modelled as a network, where the edge-weights are the failure times. A standard likelihood model for failure times is the Weibull distribution (on Wikipedia). The probability density function is: $$ \frac{k}{\lambda}\left(\frac{x}{\lambda}\right)^{k-1} e^{-(x/\lambda)^{k}} $$
We posit that the components exhibit some group behaviour via the failure times, such that connections between groups tend to fail more quickly than connections within a group; however we don’t know the number of groups. The GSBM is a good model to consider for such data since it can provide a posterior distribution for the number of groups and the Weibull with both parameters unknown has no conjugate prior.
There are three parts to the GSBM: - An edge model - A block model - A parameter model (for the parameters of the edge model)
The edgemod
object in SBMSplitMerge encapsulates the
likelihood of the edge weights. A basic edgemod
is a thin
wrapper to a density function. The package insists on the density
function taking the form f(x, p)
where x
is an
edge-weight and p
is a parameter 3-array. An optional
random method can be added. This has the signature f(p)
where p
is again a vector of parameters. For the Weibull
example, we can rely on ’s built in Weibull functions
In the GSBM, the prior specification for the number of blocks is
explicit. To facilitate other models (such as a Chinese Restaurant
Process), the object in the package encapsulates the join distribution
for the number of blocks and assignment of nodes to blocks; we refer to
these as the ‘block structure’. To provide a the following are needed:
some input parameters gamma, log density for the block structure, a
random method for the block structure, the conditional distribution of a
single node assignment given the others and a boolean indicating if the
number of blocks (kappa) is fixed. The package provides three
pre-specified s: - multinom
- fixed number of blocks with a
multinomial assignment of nodes to blocks - crp
- the
Chinese restaurant process - dma
- Dirichlet-Multinomial
allocation
We will use dma
, the first parameter (gamma) is the
concentration parameter for a symmetric Dirichlet distribution and the
second (delta) is the rate parameter for a Poisson. The ‘number of
blocks’-1 is modelled as a Poisson(delta) and the block assignments as
Dirichlet-Multinomial(gamma, K). [cf. the paper]
Finally, the prior model on the parameters of the Weibull
distribution is specified. This is the most involved component since it
requires some functions to map the inputs to the real line. The
components of a parammod
are: - - a
function(p)
where p
is a params
object gets the probability density of a params
object, - -
a function(kappa)
simulates a params
object
for kappa
blocks, - - a function mapping the support of the
parameter to the real line, - - a function mapping the real line to the
support of the parameter, - - the jacobian of t.
For the Weibull example, k and λ must be positive. A reasonable prior for each is is a Gamma distribution, which can be specified like so:
param_model <- parammod(
function(params){
dgamma(params$theta0[1], 1, 1, log=TRUE) +
dgamma(params$theta0[2], 1, 1, log=TRUE) +
sum(dgamma(params$thetak[,1], 1, 1, log=TRUE)) +
sum(dgamma(params$thetak[,2], 1, 1, log=TRUE))
},
function(kappa){
params(
c(rgamma(1, 1, 1), rgamma(1, 1, 1))
,
cbind(rgamma(kappa, 1, 1), rgamma(kappa, 1, 1))
)
},
function(x){ cbind(log(x[1]), log(x[2]))},
function(x){ cbind(exp(x[1]), exp(x[2]))},
function(x){ -log(x[1])-log(x[2])}
)
this prior says each k and λ are Gamma(1,1) distributed.
We wrap all the model components up into a sbmmod
object:
The data should appear in a square matrix and wrapped in an
edges
object. For the purpose of this example we simulate
the data with some true values:
set.seed(1)
true_blocks <- blocks(rep(c(1, 2, 3), c(10, 20, 20)))
true_params <- params(c(1, 0.5), cbind(1, c(3,4,5)))
true_sbm <- sbm(true_blocks, true_params)
weibull_edges <- redges(true_sbm, model$edge)
The blocks
object describes the block assignments of
nodes to blocks:
print(true_blocks)
#> blocks object
#> kappa: 3
#> Number of nodes: 50
#> block sizes: 10 20 20
plot(true_blocks)
We are now in a position to sample from the model:
and see some diagnostic plots
#>
#> $post_pairs
#>
#> $post_pairs_sorted
#>
#> $blocks_trace
#>
#> $param_trace
#> $param_trace[[1]]
#> Warning: Removed 14043 rows containing missing values or values outside the scale range
#> (`geom_line()`).
#>
#> $param_trace[[2]]
#> Warning: Removed 14043 rows containing missing values or values outside the scale range
#> (`geom_line()`).
#>
#>
#> $param_trace_sorted
#> $param_trace_sorted[[1]]
#> Warning: Removed 14043 rows containing missing values or values outside the scale range
#> (`geom_line()`).
#>
#> $param_trace_sorted[[2]]
#> Warning: Removed 14043 rows containing missing values or values outside the scale range
#> (`geom_line()`).
#>
#>
#> $blocks_trace_sorted
#>
#> $pp
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
#> [1,] 0.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [2,] 0.9966667 0.0000000 0.9933333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [3,] 0.9966667 0.9933333 0.0000000 0.9933333 0.9933333 0.9933333 0.9933333
#> [4,] 0.9966667 0.9966667 0.9933333 0.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [5,] 0.9966667 0.9966667 0.9933333 0.9966667 0.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [6,] 0.9966667 0.9966667 0.9933333 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.9966667
#> [7,] 0.9966667 0.9966667 0.9933333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000
#> [8,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [9,] 0.9966667 0.9966667 0.9933333 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [10,] 0.9966667 0.9966667 0.9933333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [11,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [12,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [13,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [14,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [15,] 0.7633333 0.7666667 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [16,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [17,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [18,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [19,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [20,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333
#> [21,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [22,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [23,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333
#> [24,] 0.7633333 0.7666667 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [25,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [26,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [27,] 0.7633333 0.7666667 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [28,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [29,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [30,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [31,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333
#> [32,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333
#> [33,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333
#> [34,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [35,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [36,] 0.7633333 0.7666667 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [37,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [38,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [39,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [40,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [41,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333
#> [42,] 0.7633333 0.7666667 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [43,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [44,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [45,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [46,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [47,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [48,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [49,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [50,] 0.7633333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> [1,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.7666667 0.7633333 0.7666667 0.7633333
#> [2,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [3,] 0.9966667 0.9933333 0.9933333 0.7633333 0.7600000 0.7633333 0.7600000
#> [4,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [5,] 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [6,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [7,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [8,] 0.0000000 0.9966667 0.9966667 0.7666667 0.7633333 0.7666667 0.7633333
#> [9,] 0.9966667 0.0000000 0.9966667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [10,] 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [11,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.0000000 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [12,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.9966667 0.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [13,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 1.0000000 0.9966667 0.0000000 0.9966667
#> [14,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000
#> [15,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [16,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [17,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [18,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000
#> [19,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000
#> [20,] 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [21,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 1.0000000 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [22,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 1.0000000 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [23,] 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [24,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [25,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 1.0000000 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [26,] 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [27,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [28,] 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [29,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 1.0000000 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [30,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000
#> [31,] 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [32,] 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [33,] 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [34,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [35,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.8400000 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [36,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [37,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [38,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8400000 0.8366667 0.8366667
#> [39,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [40,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [41,] 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [42,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [43,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [44,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [45,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [46,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [47,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [48,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8400000 0.8366667 0.8366667
#> [49,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [50,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21]
#> [1,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [2,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [3,] 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7633333
#> [4,] 0.7633333 0.7666667 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [5,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7633333
#> [6,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [7,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7666667 0.7633333 0.7633333
#> [8,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [9,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7633333
#> [10,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [11,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000
#> [12,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [13,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000
#> [14,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 1.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [15,] 0.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [16,] 0.9966667 0.0000000 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [17,] 0.9966667 1.0000000 0.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [18,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000 1.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [19,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [20,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.9966667
#> [21,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000
#> [22,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000
#> [23,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [24,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [25,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000
#> [26,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [27,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [28,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [29,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000
#> [30,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 1.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [31,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [32,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [33,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [34,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667
#> [35,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [36,] 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [37,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [38,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [39,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [40,] 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [41,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [42,] 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [43,] 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [44,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667
#> [45,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667
#> [46,] 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [47,] 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [48,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [49,] 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [50,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [,22] [,23] [,24] [,25] [,26] [,27] [,28]
#> [1,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [2,] 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7633333
#> [3,] 0.7633333 0.7600000 0.7600000 0.7633333 0.7600000 0.7600000 0.7600000
#> [4,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [5,] 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [6,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [7,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [8,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [9,] 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [10,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7666667
#> [11,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [12,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [13,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [14,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [15,] 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [16,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [17,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [18,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [19,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [20,] 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [21,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [22,] 0.0000000 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [23,] 0.9966667 0.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [24,] 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [25,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [26,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.9966667 1.0000000
#> [27,] 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.9966667
#> [28,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.0000000
#> [29,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [30,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [31,] 0.8366667 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [32,] 0.8366667 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [33,] 0.8366667 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [34,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [35,] 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [36,] 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [37,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [38,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [39,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [40,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [41,] 0.8366667 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [42,] 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [43,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [44,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [45,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [46,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [47,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [48,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [49,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [50,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [,29] [,30] [,31] [,32] [,33] [,34] [,35]
#> [1,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [2,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [3,] 0.7633333 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7633333
#> [4,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [5,] 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7666667 0.7666667 0.7633333 0.7633333
#> [6,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [7,] 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7633333
#> [8,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [9,] 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7666667 0.7666667 0.7633333 0.7633333
#> [10,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [11,] 1.0000000 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [12,] 0.9966667 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [13,] 1.0000000 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [14,] 0.9966667 1.0000000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [15,] 0.9966667 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [16,] 0.9966667 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [17,] 0.9966667 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [18,] 0.9966667 1.0000000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [19,] 0.9966667 1.0000000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [20,] 0.9966667 0.9966667 0.8400000 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667
#> [21,] 1.0000000 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [22,] 1.0000000 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [23,] 0.9966667 0.9966667 0.8400000 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667
#> [24,] 0.9966667 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [25,] 1.0000000 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [26,] 0.9966667 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [27,] 0.9966667 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [28,] 0.9966667 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [29,] 0.0000000 0.9966667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [30,] 0.9966667 0.0000000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [31,] 0.8366667 0.8366667 0.0000000 1.0000000 1.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [32,] 0.8366667 0.8366667 1.0000000 0.0000000 1.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [33,] 0.8366667 0.8366667 1.0000000 1.0000000 0.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [34,] 0.8366667 0.8400000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.9966667
#> [35,] 0.8400000 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000
#> [36,] 0.8366667 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [37,] 0.8366667 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [38,] 0.8366667 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [39,] 0.8366667 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [40,] 0.8366667 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [41,] 0.8366667 0.8366667 1.0000000 1.0000000 1.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [42,] 0.8366667 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [43,] 0.8366667 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [44,] 0.8366667 0.8400000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [45,] 0.8366667 0.8400000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [46,] 0.8366667 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [47,] 0.8366667 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [48,] 0.8366667 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [49,] 0.8366667 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [50,] 0.8366667 0.8366667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [,36] [,37] [,38] [,39] [,40] [,41] [,42]
#> [1,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [2,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667
#> [3,] 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000
#> [4,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7633333 0.7633333
#> [5,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7633333
#> [6,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [7,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [8,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [9,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7633333
#> [10,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [11,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [12,] 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [13,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [14,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [15,] 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [16,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667 0.8366667
#> [17,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667 0.8366667
#> [18,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [19,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [20,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [21,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [22,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [23,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [24,] 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [25,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [26,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [27,] 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000
#> [28,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [29,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [30,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [31,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [32,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [33,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [34,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [35,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [36,] 0.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000
#> [37,] 0.9966667 0.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [38,] 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [39,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [40,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [41,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.9966667
#> [42,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000
#> [43,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [44,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [45,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [46,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [47,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [48,] 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [49,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667 0.9966667
#> [50,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [,43] [,44] [,45] [,46] [,47] [,48] [,49]
#> [1,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [2,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [3,] 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000 0.7600000
#> [4,] 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7666667 0.7666667 0.7633333 0.7666667
#> [5,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [6,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [7,] 0.7633333 0.7666667 0.7666667 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [8,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [9,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [10,] 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333 0.7633333
#> [11,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [12,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8366667
#> [13,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [14,] 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [15,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [16,] 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8400000
#> [17,] 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8400000
#> [18,] 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [19,] 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [20,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [21,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [22,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [23,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [24,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [25,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [26,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [27,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [28,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [29,] 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [30,] 0.8366667 0.8400000 0.8400000 0.8366667 0.8366667 0.8366667 0.8366667
#> [31,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [32,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [33,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [34,] 0.9966667 1.0000000 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [35,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [36,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [37,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [38,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.9966667
#> [39,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [40,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 1.0000000 1.0000000 0.9966667 1.0000000
#> [41,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [42,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [43,] 0.0000000 0.9966667 0.9966667 1.0000000 1.0000000 0.9966667 1.0000000
#> [44,] 0.9966667 0.0000000 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [45,] 0.9966667 1.0000000 0.0000000 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [46,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 0.0000000 1.0000000 0.9966667 1.0000000
#> [47,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 1.0000000 0.0000000 0.9966667 1.0000000
#> [48,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.0000000 0.9966667
#> [49,] 1.0000000 0.9966667 0.9966667 1.0000000 1.0000000 0.9966667 0.0000000
#> [50,] 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667 0.9966667
#> [,50]
#> [1,] 0.7633333
#> [2,] 0.7633333
#> [3,] 0.7600000
#> [4,] 0.7633333
#> [5,] 0.7633333
#> [6,] 0.7633333
#> [7,] 0.7633333
#> [8,] 0.7633333
#> [9,] 0.7633333
#> [10,] 0.7633333
#> [11,] 0.8366667
#> [12,] 0.8366667
#> [13,] 0.8366667
#> [14,] 0.8366667
#> [15,] 0.8366667
#> [16,] 0.8366667
#> [17,] 0.8366667
#> [18,] 0.8366667
#> [19,] 0.8366667
#> [20,] 0.8366667
#> [21,] 0.8366667
#> [22,] 0.8366667
#> [23,] 0.8366667
#> [24,] 0.8366667
#> [25,] 0.8366667
#> [26,] 0.8366667
#> [27,] 0.8366667
#> [28,] 0.8366667
#> [29,] 0.8366667
#> [30,] 0.8366667
#> [31,] 0.9966667
#> [32,] 0.9966667
#> [33,] 0.9966667
#> [34,] 0.9966667
#> [35,] 0.9966667
#> [36,] 0.9966667
#> [37,] 0.9966667
#> [38,] 0.9966667
#> [39,] 0.9966667
#> [40,] 0.9966667
#> [41,] 0.9966667
#> [42,] 0.9966667
#> [43,] 0.9966667
#> [44,] 0.9966667
#> [45,] 0.9966667
#> [46,] 0.9966667
#> [47,] 0.9966667
#> [48,] 0.9966667
#> [49,] 0.9966667
#> [50,] 0.0000000
#>
#> $sortind
#> [1] 3 6 10 2 4 5 7 9 1 8 37 39 50 12 26 28 38 48 15 24 27 36 42 14 16
#> [26] 17 18 19 20 23 30 31 32 33 34 40 41 43 44 45 46 47 49 11 13 21 22 25 29 35